在国道上设置3米限高是违法的。下面我将从相关法规和政策角度进行详细解释：
法规依据：
- 根据《公路工程技术标准》(JTG B01-2014)3.6.1条规定，公路应采用同一净高。对于高速公路、一级公路、二级公路，净高应为5.00m；对于三级公路、四级公路，净高应为4.50m。这意味着，在这些公路下方设置低于这些标准的限高设施是不符合规定的。
政策背景：
- 交通部曾明确发文，所有国道、省道不得非法设置限高、限宽、超限站。这一政策旨在保障公路的畅通无阻，确保交通安全，并减少因限高设施设置不当而引发的交通事故。
专项清理行动：
- 自2019年7月10日起，交通运输部在全国范围内组织开展了为期半年的公路限高限宽设施和检查卡点专项清理行动。该行动重点清理了无法律和行政法规依据、擅自设置的限高限宽设施，以及影响卫生急救和消防车辆应急通行或存在安全隐患的限高设施。
综上所述，国道上设置3米限高违反了《公路工程技术标准》的相关规定，并且与交通部的政策相悖。因此，这样的限高设置是违法的。如果你遇到了类似的情况，或者因此遭受了损失，可以向相关部门进行投诉，并寻求法律途径来维护自己的合法权益。如果你有任何进一步的法律问题，欢迎直接向我咨询。