您好，对于同一天闯两次红灯被扣12分的情况，您需要按照以下步骤进行处理：

首先，根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，当您的驾驶证记分达到12分时，公安交管部门将扣留您的驾驶证。这意味着您需要暂时停止驾驶，并准备进行后续的学习和考试。

接下来，您需要在驾驶证被扣留后的十五日内，前往机动车驾驶证核发地或者违法行为地的公安机关交通管理部门。在那里，您将参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习。这个过程是为了帮助您更好地理解交通法规，提高驾驶安全意识。

学习结束后，车辆管理所会在二十日内对您进行道路交通安全法律、法规和相关知识考试。这个考试是为了检验您是否掌握了相关的交通法规知识。如果您考试合格，那么您的记分将予以消除，并且您可以拿回您的驾驶证。

需要注意的是，如果您考试不合格，您需要继续参加学习和考试，直到考试合格为止。此外，根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》的规定，如果您在一个记分周期内记分2次以上达到12分，除了扣留机动车驾驶证、参加学习、接受考试外，还需要接受驾驶技能考试。驾驶技能考试将按照您驾驶证载明的最高准驾车型进行。

总之，对于闯两次红灯被扣12分的情况，您需要认真对待并按照规定进行处理。通过参加学习和考试，您可以提高自己的交通法规意识，确保未来的驾驶安全。同时，也提醒您在驾驶过程中要严格遵守交通规则，避免再次发生类似的违章行为。