针对您提出的“政府征收土地批复文件作出两年后对地上附着物调查是否具有法律效力”的问题，我分析如下：
首先，我们需要明确的是，政府征收土地的批复文件本身是对征收行为的合法性进行确认的官方文件，它具有一定的法律效力。然而，这个文件主要确认的是征收土地这一行为的合法性，并不直接涉及地上附着物的调查或补偿问题。
对于地上附着物的调查，其法律效力主要取决于以下几个因素：
调查程序的合法性：如果调查程序是按照相关法律法规进行的，比如遵循了正确的调查流程、有合格的调查人员参与、调查过程公开透明等，那么这样的调查就具有法律效力。
调查结果的准确性：调查结果需要真实反映地上附着物的实际情况，包括数量、种类、价值等。如果调查结果存在虚假或错误，那么其法律效力就会受到质疑。
与征收批复文件的关联性：虽然征收批复文件不直接涉及地上附着物的调查，但如果调查是在征收批复文件作出后，作为征收工作的一部分进行的，并且与征收行为有直接关联，那么这样的调查就更有可能被视为具有法律效力。
现在，我们回到您提出的“两年后调查”这一具体情境。两年后进行的地上附着物调查，其法律效力主要取决于上述三个因素是否得到满足。如果调查程序合法、结果准确，并且与征收行为有直接关联，那么即使是在两年后进行的调查，也仍然具有法律效力。
然而，需要注意的是，由于时间间隔较长，可能会存在一些额外的法律或事实问题，比如地上附着物在此期间是否发生了变化、是否有新的法律或政策出台等。这些问题都可能影响调查的法律效力。
因此，我的结论是：政府征收土地批复文件作出两年后对地上附着物的调查，其本身并不直接决定法律效力，而是取决于调查程序的合法性、结果的准确性以及与征收行为的关联性等多个因素。如果您在具体案件中遇到此类问题，建议咨询专业律师进行详细分析。