收到文件回函不同意时，应首先明确回函的具体内容，并依据相关法律法规及合同约定，采取相应的应对措施。以下是对此问题的详细分析：
一. 明确回函内容
- 仔细阅读回函，确保完全理解其表达的意思，特别是不同意的原因和依据。
- 核实回函中的事实是否准确，如有误，需准备相应的证据进行反驳。
二. 分析法律依据与合同约定
- 法律依据：根据《中华人民共和国合同法》等相关法律法规，当事人对合同内容有异议时，有权提出并协商解决。若回函涉及的是合同纠纷，应查阅相关法律规定，明确双方的权利与义务。
- 合同约定：回顾合同中的相关条款，特别是关于争议解决、变更与解除等部分的约定。如合同中明确规定了处理此类不同意情况的程序，应按照合同执行。
三. 采取应对措施
- 沟通协商：若回函中的不同意是基于误解或信息不对等，建议首先通过沟通协商解决。可以书面或口头形式与对方联系，详细阐述自己的观点和理由，争取达成共识。
- 例如，若回函是对合同某条款的误解，可以解释该条款的真实意图和背景，以消除误解。
- 依据合同或法律提出异议：若沟通无果，且回函中的不同意确实违反了合同或法律规定，可以正式提出异议。异议应以书面形式提出，并详细列明异议的理由和依据。
- 例如，在合同纠纷中，若对方回函拒绝履行合同义务且无正当理由，可以依据《合同法》的相关规定，书面通知对方要求履行合同或承担违约责任。
- 寻求法律救济：若异议未能得到解决，可以考虑通过法律途径维护自己的权益。根据具体情况，可以选择诉讼或仲裁等方式。
- 例如，若合同纠纷无法通过协商解决，可以依据合同中的仲裁条款或诉讼管辖约定，向相应的仲裁机构或法院提起诉讼。
我建议，在处理此类问题时，应保持冷静和理性，避免情绪化的反应。同时，务必保留好所有相关的文件和证据，以便在需要时提供证明。如有进一步需要，您可以继续咨询我。