在居民区内干物流是否违法，需根据具体情况判断。针对您提出的问题，我将从以下两个方面进行分析：

一. 物流经营活动的合法性

1. 一般规定：根据《民法典》第二百七十九条，业主不得违反法律、法规以及管理规约，将住宅改变为经营性用房。若要将住宅改变为经营性用房，除遵守法律、法规以及管理规约外，还应当经有利害关系的业主一致同意。这意味着，如果未经其他业主同意，擅自将住宅改为物流经营用房，可能构成违法行为。

2. 特殊情况：然而，如果物流经营活动已经取得了相关部门的许可，如工商营业执照，并且遵守了相关的管理规定，那么这种经营活动可能是合法的。在您提供的案例中，圆通快递妈妈驿站已经在工商、城管、居委会等部门进行了登记，并取得了营业执照，因此其经营活动在形式上是合法的。

二. 噪音扰民问题

• 法律规定：虽然物流经营活动本身可能不违法，但如果该活动产生了噪音扰民，那么就可能违反了《环境噪音污染防治法》等相关法律法规。在您提供的案例中，驿站每天早上搬运快递产生的噪音严重打扰了居民的睡眠质量，这就构成了噪音扰民。

• 处理方式：对于噪音扰民问题，居民可以向相关部门投诉，要求驿站采取措施减少噪音。在您提供的案例中，学府派出所已经派民警对驿站进行了核实，并督促其整改快递车辆早晨在小区内卸货的行为。驿站负责人也表示将即刻改为在其他空旷地点卸货，不在小区内卸货。

我建议：

• 如果您认为物流经营活动存在违法或不当行为，可以向相关部门进行投诉或举报。
• 对于噪音扰民问题，您可以继续与驿站沟通，要求其采取措施减少噪音。如果驿站拒不整改，您可以向环保部门或城管部门投诉。
• 如有进一步需要，您可以继续咨询我。