违反《招标投标法实施条例》第69条由有关行政监督部门处罚。具体分析如下：

一. 违反《招标投标法实施条例》第69条的处罚主体

1. 有关行政监督部门：根据相关法律法规，对于违反《招标投标法实施条例》的行为，一般由有关行政监督部门负责查处和处罚。这些部门包括但不限于发展改革、工业和信息化、住房城乡建设、交通运输、水利、商务等部门，具体由哪个部门处罚取决于违法行为的性质和所属行业。

二. 违反《招标投标法实施条例》第69条的可能情形

1. 串通投标：例如，投标人之间串通投标，或者投标人与招标人串通投标，损害其他投标人或者招标人的合法权益。
2. 以他人名义投标：使用通过受让或者租借等方式获取的资格、资质证书以他人名义投标，或者以其他方式弄虚作假，骗取中标。
3. 其他违法行为：如出让或者出租资格、资质证书供他人投标，以及法律法规禁止的其他违法行为。

三. 处罚措施

1. 对于违反《招标投标法实施条例》第69条的行为，有关行政监督部门将依法进行查处，并根据违法行为的严重程度采取相应的处罚措施，包括但不限于罚款、取消投标资格、吊销资格证书等。
2. 情节严重构成犯罪的，还将依法追究刑事责任，如《中华人民共和国刑法》第二百二十三条所述，投标人相互串通投标报价，损害招标人或者其他投标人利益，情节严重的，可能面临三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的刑罚。

综上所述，违反《招标投标法实施条例》第69条将由有关行政监督部门进行处罚，具体处罚措施将根据违法行为的性质和严重程度而定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。