违反《道路旅客运输及客运站管理规定》等相关法规中的特定条款，才可能导致必须停止经营的处罚。具体分析如下：

一. “停止经营”的处罚依据

1. 特定法规条款：如《道路旅客运输及客运站管理规定》（中华人民共和国交通运输部令2023年第18号）中，可能存在针对某些违法行为规定“停止经营”的处罚措施。这些条款通常明确指出了何种违法行为将导致“停止经营”的处罚。
2. 处罚范围：关于“停止经营”的范围，通常取决于具体违法行为的性质和严重程度。在某些情况下，可能是对公司所有经营行为的停止，而在其他情况下，可能仅针对违法那一项的行为进行停止。根据来信提到的执法实践，如果只是要求停止了公司的违法行为那一项的经营行为，而其他业务正常开展，这通常是符合法规要求的，前提是其他业务未涉及违法行为。

二. 实例说明

• 例如，如果一家道路旅客运输公司因未按照规定进行旅客运输而被查处，且该违法行为严重到需要“停止经营”的程度，那么根据《道路旅客运输及客运站管理规定》的相关条款，该公司可能会被要求停止其违法行为那一项的经营，即停止未按规定进行的旅客运输业务，而其他合法业务如货物运输等则可以继续开展。

我建议：在具体执法过程中，应严格依据相关法律法规的条款，结合违法行为的性质和严重程度，来判定是否需要采取“停止经营”的处罚措施。同时，也应注意区分不同业务，确保合法业务不受影响。如有进一步需要，您可以继续咨询我。