有限公司章程可以约定公司清算后剩余财产不按比例分配。

根据《公司法》的相关规定，公司清算时，清偿全部债务后的剩余财产，原则上有限责任公司按股东出资比例分配，股份有限公司按股东持有的股份比例分配。但是，如果公司章程对剩余财产的分配有其他规定，且不违反法律法规的强制性规定，那么应当按照章程的规定执行。

具体来说，如果全体股东在公司章程中或者通过股东会决议对剩余财产的分配方案做出了约定，并且这个约定是合法有效的，那么在清算时就可以不按照出资比例进行分配，而是按照约定的方案进行。

例如，公司章程中可以规定，某些股东因为对公司有特殊贡献或者承担了特殊风险，因此在清算时可以获得更多的剩余财产分配。只要这个规定是全体股东真实意思的表示，且不违反法律法规，那么它就是有效的。

综上所述，有限公司章程可以约定公司清算后剩余财产不按比例分配，但前提是这个约定必须合法有效，且不违反法律法规的强制性规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。