定制公交的安全责任主体是多元的，包括市区两级政府、政府各部门、学校、企业、社区以及家长等相关方。以下是对此结论的详细分析：
一. 安全责任主体的多元性
市区两级政府及政府各部门：根据《北京市通学定制公交运行服务监管工作规则(试行)》（以下简称《工作规则》），市区两级政府及政府各部门在通学定制公交的运行中承担重要职责，是安全责任主体的一部分。它们负责制定政策、提供指导、进行监管，确保通学定制公交的安全运行。
学校：学校作为组织学生参与通学定制公交的主体，也承担着相应的安全责任。学校需要与家长沟通，组织定制，并确保学生在乘坐公交过程中的安全。
企业：运输服务企业是通学定制公交的实际运营者，它们负责选派驾驶员和乘务员，确保车辆的安全运行和服务质量。因此，企业也是安全责任主体之一。
社区和家长：社区和家长在通学定制公交的安全运行中同样扮演着重要角色。社区可以提供临时照管措施，家长则需要关注孩子的乘车安全，共同维护通学定制公交的安全环境。
二. 各方职责的明确性
《工作规则》明晰了通学定制公交各方职责，确定了“市级指导、区级主责、部门协作、社会共治”的工作原则。这意味着每一个安全责任主体都有其明确的职责和分工，共同构成通学定制公交的安全责任体系。
三. 安全责任体系的完善性
通过明确各方职责、建立事前线路申报确定、事中运行服务监测规范、事后监管处置的工作流程，以及成立通学定制公交运行班组等措施，《工作规则》打造了一个全链条的运行、服务、监测、监管一体化工作格局，从而完善了通学定制公交的安全责任体系。
综上所述，定制公交的安全责任主体是多元的，包括市区两级政府、政府各部门、学校、企业、社区以及家长等相关方。它们共同承担着确保通学定制公交安全运行的责任。