在工程建设中，延迟支付工程款违约金的计算方式主要依据合同中的约定以及相关法律法规。以下是对这一问题的详细解答：
一、合同有约定的情况
查看合同条款：
- 首先应检查合同中是否有关于延迟支付工程款违约金的具体计算条款。
按约定执行：
- 如果合同中有明确的违约金计算方式，如按未付工程款的一定比例（如每日万分之五）计算，且该约定不违反法律、法规的强制性规定，那么双方需按照该约定执行。
二、合同未约定的情况
法律依据：
- 若合同中没有明确违约金的计算方法，可以依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定。
计算方式：
- 当事人可以主张按照同期同类贷款利率或者同期贷款市场报价利率来计算利息，以此作为损失赔偿。
三、违约金调整情况
- 过高或过低的处理：
- 如果合同中约定的违约金过高或过低，当事人可以向法院或仲裁机构请求调整。
- 一般来说，当约定的违约金过分高于造成的损失（如超过损失的30%）时，可适当减少；若约定的违约金低于造成的损失，则可适当增加。
四、实际案例
- 以小许与小李的工程合同为例，合同中明确约定若延迟支付工程款，按未付工程款每日万分之五计算违约金。若该约定符合法律法规，双方应依约执行。若小李认为违约金过高，需承担举证责任，证明约定的违约金过分高于造成的损失，并请求法院适当减少。
五、注意事项
- 合同效力：主合同无效时，违约金合同也无效。因此，在签订合同时应确保合同的合法有效性。
- 附条件合同：违约金合同通常是一种附条件合同，违约行为发生时，违约金合同生效。
- 法定与约定违约金：了解法定违约金与约定违约金的区别，并根据实际情况选择合适的计算方式。
综上所述，延迟支付工程款违约金的计算方式需根据合同中的约定以及相关法律法规来确定。在处理此类问题时，应仔细审查合同条款，并依据相关法律法规进行合理判断和处理。