工程居间人在进行居间活动时，应当注意以下几个方面以确保自身行为的合法性和有效性，同时保护自身权益：

一、明确居间合同内容

1. 详细条款：在签订居间合同时，应确保合同内容详细、明确，包括服务范围、居间费用、支付方式、违约责任等关键条款，以避免后续纠纷。
2. 合法合规：确保居间合同不违反《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定，否则合同可能被认定为无效，居间人的权益将无法得到法律保护。

二、履行中介义务

1. 如实报告：居间人应如实向委托人报告与订立合同有关的重要事实，不得隐瞒或提供虚假信息。这是居间人的基本职责，也是维护委托人利益的关键。
2. 提供媒介服务：居间人应利用自身资源或信息优势，为建设工程的发包方与承包方提供项目对接、资源匹配、招投标协调等媒介服务，促成双方签订施工合同或合作协议。

三、注意费用收取与退还

1. 合理收费：居间人在促成合同成立后，有权按照合同约定收取居间费用。但费用收取应合理、透明，避免过高或过低引发争议。
2. 退还费用：如果居间人未促成合同成立，或者因合同无效、被撤销等原因导致委托人利益受损，居间人应根据合同约定或法律规定退还已收取的居间费用。

四、遵守法律法规

1. 合法经营：居间人在进行居间活动时，应遵守国家法律法规和行业规范，不得从事违法违规活动。
2. 保护商业秘密：在居间过程中，居间人可能接触到委托人的商业秘密或敏感信息，应严格保密，不得泄露给第三方。

五、风险防范与应对

1. 了解委托人：在签订居间合同前，应对委托人的资信状况、履约能力等进行充分了解，以降低合作风险。
2. 应对纠纷：如果发生居间合同纠纷，居间人应积极与委托人协商解决，或寻求法律援助以维护自身权益。

综上所述，工程居间人在进行居间活动时，应明确合同内容、履行中介义务、注意费用收取与退还、遵守法律法规，并加强风险防范与应对。这样才能确保自身行为的合法性和有效性，同时保护自身权益。