当您在申请劳动仲裁期间发现公司已经注销时，处理方式和责任主体的确定会相对复杂一些。以下是我为您详细梳理的解答：
一、处理方式
确定注销情况：
- 首先，您需要确认公司是否依法进行了清算。若公司依法清算并注销，且清算时对职工权益作了处理，那么通常没有责任主体可以追责。
- 若公司未依法清算就注销，或者清算过程中存在违法行为（如未通知劳动者申报债权），那么您可以向相关责任人追责。
准备证据：
- 收集公司注销的相关证据，如注销登记证明、清算报告等。
- 同时，准备好证明您与公司存在劳动关系及相关权益的证据，如劳动合同、工资单、工作记录等。
提交仲裁申请：
- 将仲裁申请提交给劳动争议仲裁委员会，要求相关责任人（如有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东等）承担法律责任，支付拖欠的工资、经济补偿金等。
等待裁决与执行：
- 仲裁委会对您的申请进行审查，如果情况属实，会依法裁决相关责任人履行相应义务。
- 如果责任人拒不执行裁决，您可以向法院申请强制执行，以维护自己的权益。
二、责任主体确定
若公司未依法清算注销：
- 有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人应承担责任，可将其列为被申请人。
若存在第三人承诺：
- 如存在第三人承诺对公司债务承担责任，也可将该第三人列为责任主体。
特殊情况：
- 如果公司是被吊销营业执照、责令关闭、撤销或者用人单位决定提前解散等而注销，在注销过程中存在恶意处置公司财产给劳动者造成损失的，相关责任人也会成为被申请人。
三、注意事项
- 在整个过程中，保持冷静并理性处理是非常重要的。
- 确保您提供的所有证据都是真实、合法且有效的。
- 如果您在处理过程中遇到任何困难或疑问，建议及时咨询专业法律人士以获取帮助。
总之，即使公司在劳动仲裁期间注销，您的权益仍然有可能得到保障。关键在于您如何收集证据、确定责任主体，并依法向劳动争议仲裁委员会提交申请。希望这些解答能对您有所帮助。