劳动法并未形同虚设，它依然是我国保护劳动者合法权益的重要法律。针对您所描述的情况，我们可以从以下几个方面进行分析：
一. 劳动合同的签订与保管
- 劳动合同的签订：根据《劳动合同法》第十条，建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。您已与公司签订了劳动合同，这是符合法律规定的。
- 劳动合同的保管：虽然您提到合同被公司全部拿去，但根据《劳动合同法》第十六条，劳动合同由用人单位与劳动者各执一份。公司未给您留存一份是不合法的。您可以尝试向公司索要，或者在进行劳动仲裁时提出这一点。
二. 加班与加班费
- 加班的规定：根据《劳动法》第四十一条，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时。公司强制加班且未支付加班费是违法的。
- 加班费的支付：根据《劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。您有权要求公司支付加班费。
三. 工资支付
- 工资支付时间：根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。公司未按合同约定时间支付工资是违法的。
- 工资支付标准：工资应当按照劳动合同的约定支付，不得随意扣减。
四. 离职与保密协议
- 离职：您有权在认为公司不适合个人发展时提出离职，这是您的合法权益。
- 保密协议：您提到的离职时必须签订的不能说公司任何坏话的法律声明，其实质上是一种保密协议。根据《劳动合同法》第二十三条，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。但保密协议不能违反法律法规，也不能侵犯劳动者的合法权益。如果协议内容违法或显失公平，您可以主张其无效。
五. 劳动仲裁
- 仲裁申请：针对公司存在的违法行为，您有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。根据《劳动争议调解仲裁法》第二条，中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：（一）因确认劳动关系发生的争议；（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议。
- 仲裁准备：在申请仲裁前，建议您收集好相关证据，如劳动合同（如无法获取，可尝试通过其他途径证明劳动关系）、加班记录、工资支付记录等。
我建议您积极维护自己的合法权益，通过劳动仲裁等法律途径寻求救济。同时，也提醒您在今后的工作中注意保护自己的合法权益，避免类似情况再次发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。