公司有权将每年的考核放入员工档案。但这一行为需遵循相关法律法规和公司内部规章制度，确保合法、合规且尊重员工权益。

分析说明：

1. 公司管理权限：公司作为用人单位，有权对员工的工作表现进行评价和考核，并将考核结果作为员工管理、晋升、奖惩等的重要依据。将考核结果放入员工档案，是公司对员工管理的一种常见方式，有助于记录员工的工作历程和表现。

2. 法律法规支持：根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，公司有权建立和管理员工档案，以记录员工的工作情况、培训经历、考核成绩等信息。这些档案是公司进行人力资源管理的基础，也是保障员工权益的重要依据。

3. 公司内部规章制度：公司在将考核结果放入员工档案时，应遵守公司内部规章制度，确保考核过程的公平、公正、公开。同时，公司应尊重员工的知情权，让员工了解自己的考核结果，并有机会对考核结果提出异议或申诉。

4. 员工权益保护：虽然公司有权将考核结果放入员工档案，但应确保这一行为不侵犯员工的合法权益。例如，公司不得将未经员工确认的考核结果或涉及员工个人隐私的信息放入档案中。

结论补充说明：

公司在将每年的考核放入员工档案时，应确保考核过程的合法、合规性，并尊重员工的权益。如果员工对考核结果有异议或认为公司侵犯了自己的合法权益，可以通过与公司沟通、提出申诉或寻求法律援助等方式来维护自己的权益。同时，公司也应建立健全的档案管理制度，确保员工档案的安全、完整和准确性。