汽车掉入农村污水井损坏，责任赔偿主体需根据具体情况确定。下面我将分情况详细分析：
污水井的归属与管理：
- 若污水井属于村委会或相关政府部门管理，且因管理不善（如井盖缺失、未设警示标志等）导致汽车掉入，那么村委会或相关政府部门应承担相应的赔偿责任。根据《民法典》第一千二百五十八条，窨井等地下设施的造成他人损害，管理人不能证明尽到管理职责的，应当承担侵权责任。
驾驶者的责任：
- 若驾驶者在行驶过程中存在疏忽大意或违反交通规则的行为（如超速、酒驾等），导致汽车掉入污水井，那么驾驶者自身也需承担一定的责任。在这种情况下，赔偿可能会根据双方的过错程度进行分担。
第三方责任：
- 若汽车掉入污水井是由于第三方的行为（如故意破坏井盖、设置障碍等）导致的，那么第三方应承担赔偿责任。此时，受害者可以向第三方主张侵权损害赔偿。
综上所述，汽车掉入农村污水井损坏的赔偿主体需根据具体情况确定，可能涉及村委会或相关政府部门、驾驶者自身以及第三方。我建议受害者首先查明事故原因，确定责任主体，然后依据相关法律法规进行索赔。如有进一步需要，您可以继续咨询我。