关于建设工程合同纠纷是否适用被告住所地这一问题，核心结论是：建设工程合同纠纷一般不适用被告住所地，而应由工程所在地的人民法院专属管辖。以下是对这一结论的详细解释：

1. 专属管辖的规定：

   • 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条第二款，建设工程施工合同纠纷按照不动产纠纷确定管辖。
   • 不动产纠纷由不动产所在地人民法院专属管辖。因此，在建设工程合同纠纷中，通常应由工程所在地的人民法院管辖。

2. 一般管辖与专属管辖的关系：

   • 虽然《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条（原第二十三条）规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
   • 但这一规定在建设工程合同纠纷中需受专属管辖的限制，即当法律对某类案件规定了专属管辖时，应优先适用专属管辖的规定。

3. 协议管辖的限制：

   • 合同当事人在不违反级别管辖和专属管辖的前提下，可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。
   • 然而，在建设工程合同纠纷中，由于专属管辖的存在，当事人不能通过协议选择改变由工程所在地人民法院管辖的规定。

综上所述，建设工程合同纠纷一般应适用专属管辖，即由工程所在地的人民法院管辖，而不是被告住所地。这一规定体现了对不动产案件审理的专业性和便利性要求。如果你在实际操作中遇到此类问题，或有其他相关的法律疑问，欢迎直接向我咨询。