将父亲的样本换成儿子的，儿子的样本换成父亲的，会严重影响亲子鉴定的结果。

亲子鉴定是通过比对分析被鉴定人的遗传物质（通常是DNA），来确定他们之间是否存在亲子关系的一种科学鉴定方法。在正常情况下，亲子鉴定会分别采集父亲、母亲（如果可用）和孩子的样本，然后进行比对分析。

如果将父亲的样本换成儿子的，儿子的样本换成父亲的，那么实际上进行比对的就不是真正的父子或母子关系，而是被颠倒了的样本关系。这种情况下，亲子鉴定的结果将会完全失真，无法准确反映真实的亲子关系。

具体来说，亲子鉴定通常涉及多个遗传位点的比对，这些位点上的遗传信息在亲子之间应该具有一定的传承关系。如果样本被颠倒，那么这些遗传位点的比对结果将会出现严重的不匹配，导致鉴定结论错误。

因此，在进行亲子鉴定时，必须确保样本的准确性和真实性，任何样本的替换或篡改都会导致鉴定结果的失真。如果需要进行亲子鉴定，建议寻求专业的鉴定机构，并严格按照鉴定程序进行操作，以确保鉴定结果的准确性和可靠性。