当然可以，注册有限公司时，三个股东都是个人，并且可以选择农民自然人作为股东。

在《公司法》中，并没有对股东的职业或身份做出具体限制。农民自然人，作为具有完全民事行为能力的个体，完全有资格成为有限公司的股东。他们与其他职业或身份的个人一样，享有同等的权利和义务，包括参与公司的经营管理、分享公司的利润等。

具体来说，注册有限公司时，需要遵循以下步骤，并确保所有股东（包括农民自然人）都符合相关要求：

1. 确定公司名称和经营范围：选择符合规定的公司名称，并明确公司的经营范围。
2. 制定公司章程：公司章程是公司的基本法律文件，需要明确公司的股东、注册资本、经营范围、组织机构等事项。
3. 股东出资：股东需要按照公司章程的规定，按时足额缴纳出资。农民自然人股东可以以货币、实物、知识产权等方式出资。
4. 办理注册登记：向工商行政管理部门提交相关材料，办理公司的注册登记手续。

在这个过程中，农民自然人股东需要与其他股东一样，签署公司章程、认缴出资，并参与公司的决策和管理。同时，他们也需要遵守《公司法》和公司章程的规定，履行股东的责任和义务。

总之，农民自然人完全有资格成为注册有限公司的股东，与其他股东共同经营和管理公司。如果有任何具体问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。