关于“两年后还能申请被执行人司法拘留吗”的问题，答案是：在特定情况下，即使超过两年，仍然可以申请对被执行人进行司法拘留。
分析说明：
执行时效与拘留措施的关系：
- 虽然法律规定的申请执行期间通常为两年，但这并不意味着超过该期间就不能对被执行人采取拘留等强制执行措施。
- 执行时效和能否拘留之间并无必然的时间联系，关键在于被执行人是否存在拒不履行义务等妨害执行的行为。
特定情况下的拘留措施：
- 如果执行案件处于持续执行状态，且被执行人存在有能力却不履行、转移财产等妨碍执行的行为，法院可以根据情节轻重对其予以罚款、拘留。
- 即使超过了两年的申请执行期间，只要被执行人存在上述妨害执行的行为，法院仍有权采取拘留措施。
实际案例的参考：
- 以小朱与小许的债务纠纷案为例，虽然小朱在判决生效三年后才向法院申请强制执行，但由于小许有能力执行却拒不执行，还隐藏、转移财产，法院最终对其采取了拘留措施。
法律依据：
- 相关法律规定了申请执行的期间，但并未规定超过该期间就不能采取拘留等强制执行措施。
- 法院在执行过程中，有权根据被执行人的行为情况，依法采取包括拘留在内的多种强制措施。
结论补充：
因此，即使在两年后，如果被执行人存在拒不履行义务等妨害执行的行为，且执行案件仍处于持续执行状态，申请人仍然可以向法院申请对被执行人进行司法拘留。但具体能否采取拘留措施，还需由法院根据案件的具体情况和被执行人的行为来判断。