若存量公司未按照国务院新规修改公司章程中的出资时间，可能会面临一系列法律后果。具体来说：
责令改正与公示：根据《国务院关于实施〈中华人民共和国公司法〉注册资本登记管理制度的规定》，公司未按照本规定调整出资期限的，由公司登记机关责令改正。若逾期未改正，公司登记机关将在国家企业信用信息公示系统作出特别标注并向社会公示。这一措施将对公司信誉产生负面影响，可能影响公司的业务合作和市场形象。
行政处罚：若公司的股东或者发起人未按照本规定缴纳认缴的出资额或者股款，或者公司未依法公示有关信息，将依照《公司法》及《企业信息公示暂行条例》的有关规定予以处罚。这可能包括罚款、警告等行政处罚措施。
经营受限：公司出资期限、注册资本明显异常，且被公司登记机关认定违背真实性、合理性原则的，除了要求及时调整外，还可能面临其他经营上的限制，如限制参与某些项目投标、限制享受某些政策优惠等。
法律纠纷风险：未按时修改出资时间可能导致公司与股东之间、公司与债权人之间产生法律纠纷。例如，债权人可能会以公司出资不实或出资期限过长为由，要求公司提前清偿债务或承担其他法律责任。
因此，建议存量公司务必按照国务院新规的要求，及时修改公司章程中的出资时间，并确保股东在规定的期限内足额缴纳认缴的出资额。以避免可能的法律后果和经营风险。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。