运费是否计入非法经营罪的犯罪金额，需根据具体情况分析。
非法经营罪，是指违反国家规定，非法经营，扰乱市场秩序，情节严重的行为。其犯罪金额通常指的是行为人非法经营行为的违法所得或非法经营的货值金额。而运费作为商品流通中的一项费用，是否应计入非法经营罪的犯罪金额，并非一概而论，而是需要根据非法经营的具体行为、运费的支付方式以及运费与非法经营行为之间的关联性等因素来综合判断。
如果运费是非法经营行为的一部分：例如，行为人通过非法手段销售商品，并将运费作为商品价格的一部分向购买者收取，那么运费应被视为非法经营行为所得的一部分，应计入犯罪金额。因为此时运费已成为行为人非法获利的组成部分，与非法经营行为具有直接关联性。
如果运费是独立于非法经营行为的费用：例如，行为人非法经营商品，但运费是由购买者另行支付给第三方物流公司的，且运费并未作为行为人非法获利的来源，那么运费就不应计入犯罪金额。因为此时运费与非法经营行为之间的关联性较弱，不宜将其纳入犯罪金额的范畴。
综上所述，运费是否计入非法经营罪的犯罪金额，需根据具体情况进行具体分析。在判断时，应重点关注运费与非法经营行为之间的关联性以及运费在非法经营行为中所起的作用。如有相关法律问题，可直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更具针对性的法律建议。