纪委不可以让普通职工自证有罪。

首先，从法律原则上来看，我国法律明确规定了“任何人不得被强迫自证其罪”的原则，这是保护人权、维护司法公正的重要体现。纪委作为党的纪律检查机关，在调查过程中也必须严格遵守这一原则，不能强迫被调查人自证其罪。

其次，纪委的调查权是有限度的，它主要侧重于对党员和领导干部的违纪行为进行调查，而不是对普通职工的犯罪行为进行侦查。对于普通职工的犯罪行为，应当由公安机关等司法机关依法进行侦查和起诉。

最后，从实践角度来看，让普通职工自证有罪不仅违反了法律原则，也不利于案件的公正处理。因为自证有罪往往是在被迫或压力下做出的，其真实性和可靠性难以保证。而且，如果允许纪委强迫普通职工自证有罪，那么可能会引发更多的冤假错案，严重损害司法公正和当事人的合法权益。

综上所述，纪委不可以让普通职工自证有罪。如果纪委在调查过程中发现普通职工涉嫌犯罪，应当依法移送司法机关处理，由司法机关依法进行侦查、起诉和审判。