保密协议可以盖合同章。以下是对此结论的详细解释：

1. 合同章的效力：

   • 合同章代表单位的意志，用于对外签订合同。根据法律规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。
   • 只要保密协议的内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方当事人具有相应的民事行为能力，意思表示真实，那么加盖合同章后，保密协议即成立并生效。

2. 特殊情况处理：

   • 如果保密协议中明确约定了生效条件为加盖特定印章（如公章），那么仅盖合同章可能不符合约定，此时需要按照协议中的约定来处理。

3. 实践中的做法：

   • 在实践中，大部分的保密协议通常会加盖公司公章作为法定的证明文件。但采用合同章代替公章的做法，并不会对保密协议的合法性与有效性产生实质性的影响。

4. 法律建议：

   • 为避免纠纷，建议在签订保密协议前仔细审查条款，明确保密范围、期限、违约责任等，并明确盖章的效力和双方的权利义务。

综上所述，保密协议可以盖合同章，但在特定情况下需要遵循协议中的约定。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。