当发现个体签合同所使用的公章不合法时，处理方式需根据具体情况来定，以下是一些详细的建议：
一、明确不合法原因
首先，要查明公章不合法的具体原因，可能包括：
- 印章未经政府审批程序注册备案。
- 印章是伪造或变造的。
- 使用印章的主体未获得相应授权。
二、评估合同效力
- 如果印章未经备案，合同的法律效力可能会受影响，但并不意味着合同完全失效，还需结合其他因素全面评估。
- 如果印章是伪造的，这可能触及刑事犯罪，合同很可能因此无效。
三、采取相应措施
未注册备案的印章：
- 立即停止使用该印章。
- 尽快向相关部门申请合法登记备案。
- 与合同对方沟通，说明情况，协商修改合同或重新加盖合法印章。
伪造或变造的印章：
- 立即向公安机关报案，说明印章被伪造或变造的情况。
- 保留所有与合同印章违法行为有关的证据，如合同文件、往来函件等。
- 通知合同对方印章伪造情况，并协商处理合同事宜。
- 如合同已部分履行，且双方无异议，可视为对合同效力的追认；否则，应寻求法律途径解决合同效力问题。
超越使用范围或未经授权的印章：
- 查明使用印章的主体是否获得授权。
- 如未获得授权，立即停止使用该印章，并与合同对方沟通协商。
- 根据实际情况，可能需要重新签订合同或修改合同条款。
四、法律途径解决纠纷
- 若协商无果，可通过司法诉讼等法律手段来寻求公正的裁决。
- 在诉讼过程中，要提供充分的证据证明印章的不合法性以及自身在此过程中的无过错状态。
五、注意事项
- 在处理合同章不合法问题时，务必保持冷静和理性。
- 尽可能收集并保留所有与合同和印章相关的证据。
- 如涉及法律诉讼，建议咨询专业律师以获取更详细的法律建议和支持。
综上所述，处理个体签合同公章不合法的问题需要综合考虑多种因素，并根据具体情况采取相应的措施。在整个过程中，保持与合同对方的沟通协商以及遵循相关法律法规是至关重要的。