支票作废时，存根是需要收回并妥善保管的。具体分析如下：

一. 支票作废的基本处理

1. 收回存根：支票作废后，其存根作为重要的财务凭证，应当被收回并妥善保管。这不仅是为了确保财务记录的完整性，也是为了后续可能的核查或审计需要。
2. 加盖作废章：在收回存根的同时，还应在支票存根上加盖作废章或注明“作废”字样，以明确其已作废的状态。

二. 相关法规要求

• 根据《中华人民共和国票据法》及相关财务管理规定，虽然未直接明确支票作废后存根的处理方式，但强调了票据的规范管理和妥善保管。作废的支票存根作为票据管理的一部分，自然也应遵循这一原则。

三. 实际操作建议

• 建立台账：企业可以建立支票管理台账，详细记录支票的开具、作废等情况，包括存根的收回和保管。
• 定期核查：定期对作废的支票存根进行核查，确保其完整性和安全性。
• 遵循规定：严格遵守相关财务管理和票据管理规定，确保支票作废及存根处理的合规性。

综上所述，支票作废时，存根是需要收回并妥善保管的。这不仅符合财务管理的基本要求，也是确保企业财务记录准确性和规范性的重要措施。如有进一步需要，您可以继续咨询我。