关于“司机开着公司的车发生交通事故住院了，医药费由谁出”的问题，以下是我的详细解答：

首先，医药费的承担主体需要根据事故责任认定和保险情况来确定。

1. 事故责任明确，且对方车辆有责任：

   • 首先由对方车辆的交强险在责任限额内进行赔偿。
   • 如果交强险赔偿不足，就按照双方责任比例，由对方车辆的商业三者险进行赔偿。
   • 如果商业三者险仍然不足以覆盖医疗费用，那么剩余部分由侵权人（即事故责任方）承担。

2. 事故完全是己方责任：

   • 如果自己的车辆投保了车上人员责任险，那么可以让保险公司在保险范围内进行赔偿。
   • 如果没有投保相关保险，通常需要司机自己先行承担医疗费用，后续再根据具体情况向其他可能的责任方（如公司，如果公司有过错或相应责任）追偿。

3. 特殊情况：

   • 在紧急情况下，医疗机构应当先进行救治，不能因为费用问题而拖延。

此外，还需要考虑司机与公司之间的关系以及公司的相关规章制度。如果司机是在执行工作任务时发生交通事故，且公司对此负有管理责任或过错，那么公司也可能需要承担一定的赔偿责任。

综上所述，医药费的承担主体并不是单一的，而是需要根据具体情况来综合判断。如果您或您的亲友遇到了类似的问题，建议尽快咨询专业律师，以便更准确地了解自身的权益和责任。在我这里，您可以获得关于刑事辩护、交通事故赔偿、工伤赔偿、劳动纠纷、律师会见以及离婚财产纠纷等领域的专业法律咨询。