在组织卖淫罪案件中，车辆有可能会被扣押。具体分析如下：
扣押的法律依据：
- 在刑事案件中，如果车辆被用作犯罪工具、用于运输犯罪所得或用于其他与犯罪活动直接相关的目的，公安机关有权根据《中华人民共和国刑事诉讼法》等相关法律规定，对涉案车辆进行扣押。
扣押的情形：
- 若车辆直接用于组织卖淫活动，如接送卖淫人员、运输卖淫工具等，则车辆很可能被视为犯罪工具而被扣押。
- 若车辆虽未直接用于组织卖淫活动，但车辆所有人或使用者涉嫌利用车辆进行与卖淫相关的违法活动，如洗钱、转移犯罪所得等，车辆同样可能被扣押作为证据或用于追缴违法所得。
扣押后的处理：
- 被扣押的车辆将作为案件证据进行保管，并可能随案移送检察机关、审判机关。
- 若车辆被认定为犯罪工具或违法所得，最终可能被依法没收或拍卖，所得款项上缴国库。
- 若车辆与案件无关或车辆所有人能够证明其合法性，公安机关在查明情况后应及时解除扣押，并返还车辆所有人。
综上所述，在组织卖淫罪案件中，车辆是否会被扣押取决于车辆与犯罪活动的关联程度以及公安机关的调查结果。若您或您的亲友面临此类问题，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解案件情况并维护自身合法权益。