若车辆被认定为犯罪工具，则会被依法没收；若车辆与犯罪行为无关，则会在案件结束后依法返还。具体分析如下：

1. 车辆作为犯罪工具被没收的情况：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。
   • 在组织卖淫的案件中，如果车辆被用于接送卖淫人员、运输相关物品或作为犯罪活动的场所等，即被认定为供犯罪所用的本人财物，那么该车辆将被依法没收，上缴国库。

2. 车辆与犯罪行为无关被返还的情况：

   • 如果车辆并非专门用于组织卖淫活动，而是被犯罪分子临时借用或盗用，且车主对犯罪行为并不知情，那么该车辆不属于犯罪工具，不应被没收。
   • 在这种情况下，车辆将在案件结束后，根据相关法律程序，依法返还给车主。车主需要配合公安机关的调查工作，提供必要的证明材料，以证明车辆与犯罪行为无关。

建议：

• 如果您或您身边的人遇到类似情况，建议尽快咨询专业律师，了解具体的法律程序和权利义务。
• 配合公安机关的调查工作，提供必要的证明材料，以维护自己的合法权益。
• 如果车辆被没收，车主有权在知道没收决定之日起一定期限内（如五日内）向作出没收决定的公安机关提出申诉，要求复核或重新审查。