关于“微信做流水备注预付定金是否合法”的问题，首先我们需要明确一点：微信作为一个社交平台，其本身并不具备处理金融交易的法律资质。然而，在日常交往中，人们确实可能会通过微信进行一些小额的资金往来，包括预付定金等。

从法律角度来看，预付定金是一种合同行为，通常用于确保交易的顺利进行。在微信上进行这样的操作，如果双方有明确的约定，且行为不违反相关法律法规，那么一般来说是可以被接受的。关键在于，这样的行为必须基于双方的自愿和真实意思表示，且不得违反任何法律禁止性规定。

对于“做流水”这一说法，如果是指通过微信转账等方式制造虚假的交易记录，那么这是不合法的。因为这种行为可能涉及欺诈、虚假宣传或其他违法行为。而备注“预付定金”也只是对转账性质的说明，并不能改变转账行为本身的法律性质。

因此，总结来说：

1. 在微信上进行预付定金的转账，如果双方有明确的约定且不违反法律法规，是合法的。
2. 但如果通过微信制造虚假的交易流水或进行其他违法行为，则是不合法的。

在进行任何微信转账或类似行为时，建议双方保持透明和诚实，确保行为的合法性和正当性。如有任何疑虑或争议，应及时咨询专业法律人士以获取准确的法律意见。