投标保函存保证金确实可以构成一种反担保措施。详细分析如下：

一. 投标保函与反担保的关系

1. 投标保函的定义：投标保函是投标人通过银行等金融机构出具的书面文件，为招标人的权益提供保障，确保投标的严肃性和可靠性。它属于保证担保的一种形式。
2. 反担保的定义：反担保是担保人为债务人向债权人提供担保时，由债务人反过来向担保人所提供的担保。其目的是为了规避担保人的信用风险。
3. 投标保函中的反担保：在投标保函中，如果投标人需要向银行或担保机构提供保证金或其他形式的担保物，以换取银行或担保机构出具的保函，那么这种保证金或担保物就构成了对银行或担保机构的反担保。

二. 投标保函存保证金作为反担保的具体体现

1. 保证金的性质：保证金是投标人向银行或担保机构缴纳的一定金额的现金或等价物，作为其对投标行为的额外担保。
2. 保证金的反担保作用：当投标人违反投标相关约定时，银行或担保机构可以根据保函的约定向招标人支付款项。此时，保证金可以作为银行或担保机构向投标人追偿的一种手段，即反担保措施。
3. 法律依据：根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国担保法>若干问题的解释》，反担保的方式可以是债务人提供的抵押或者质押，也可以是其他人提供的保证、抵押或者质押。投标保函中的保证金正属于债务人（投标人）提供的质押形式的一种。

三. 实际操作中的注意事项

• 在实际操作中，投标保函的反担保形式可能以保证金为主，但也可能包括其他形式的担保物或第三方出具的反担保函。
• 投标人应充分考虑自身的实际情况和招标文件的具体要求，选择合适的担保形式，并确保其符合法律法规的要求。

综上所述，投标保函存保证金确实可以构成一种反担保措施，为银行或担保机构的权益提供保障。同时，投标人也应谨慎选择担保形式，以确保自身的权益得到最大程度的保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。