当农商银行合并遇到部分股东不同意的情况时，处理方式主要遵循《中华人民共和国公司法》的相关规定，以下是具体的分析和建议：

处理方式

1. 召开股东大会：

   • 根据《公司法》规定，公司合并的决议必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。
   • 股东大会是解决股东意见分歧的关键场合，应确保会议程序合法、公正，充分听取并记录各位股东的意见。

2. 股东权利保障：

   • 若合并决议获得三分之二以上表决权支持，反对的股东可以选择按照决议参与公司合并，或者要求公司以合理价格收购其股份。
   • 股东与公司就股权收购价格达不成一致时，可以协商确定，协商不成的，可以通过评估等方式确定合理价格。
   • 若股东与公司就股权回购无法达成一致，股东可自股东会会议决议通过之日起九十日内向人民法院提起诉讼，要求公司回购股权。

3. 重新考虑或协商：

   • 若合并决议未获得三分之二以上表决权支持，公司合并将无法进行。
   • 此时，公司管理层应重新考虑合并计划，或与反对合并的股东进行沟通协商，寻求解决方案，如调整合并条件、提供额外补偿等。

4. 合并程序的合法性：

   • 股东应关注合并程序的合法性，包括是否依法通知债权人、是否按照法定程序进行公告等。
   • 若公司合并程序存在违法违规情况，异议股东可通过向法院起诉，要求确认合并决议无效或撤销该决议。

法律依据

• 《中华人民共和国公司法》第一百七十三条：公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。
• 《中华人民共和国公司法》第一百七十四条：公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。

结论

农商银行合并时，部分股东不同意的情况下，应首先通过召开股东大会进行表决。若决议获得三分之二以上表决权支持，反对股东可选择参与公司合并或要求公司合理收购其股份；若决议未通过，公司应重新考虑合并计划或与反对股东协商。同时，股东应关注合并程序的合法性，确保自身权益不受侵害。