在钱已还清的情况下，一般不能直接起诉小三破坏家庭。破坏家庭关系属于道德范畴，并非法律能直接规制的行为。但我可以从以下几个角度为你进一步分析这个问题：

1. 若存在法定可撤销事由：

   • 如果偿还行为存在重大误解、受欺诈、受胁迫等法定可撤销事由，给付方有权在知道或应当知道撤销事由之日起一年内行使撤销权。撤销该偿还行为后，可就原纠纷起诉。例如，给付方是在被小三以威胁人身安全等手段逼迫下还钱，这种情况下撤销还钱行为后起诉是合理的。

2. 若基于赠与目的还钱：

   • 如果给付方是基于赠与目的还钱给小三，且该赠与行为并非具有救灾、扶贫、助残等公益、道德义务性质的赠与，在赠与财产权利转移之前，给付方一般也可撤销赠与并起诉。

3. 若小三获取钱财的行为涉嫌违法犯罪：

   • 如果小三获取钱财的行为涉嫌违法犯罪，如诈骗等，即便已还钱，给付方也可向公安机关报案，由司法机关依法处理。必要时给付方也可通过附带民事诉讼等方式维护自身权益。

4. 关于破坏家庭关系的法律救济：

   • 虽然不能直接起诉小三破坏家庭，但如果小三的行为导致了婚姻关系破裂，且涉及财产分割、抚养权争议等问题，可以在离婚诉讼中一并处理。在离婚诉讼中，法院会根据实际情况，对夫妻共同财产进行分割，并考虑子女抚养权等问题。

5. 道德层面的谴责与调解：

   • 除了法律手段外，还可以通过道德层面的谴责和调解来处理这类问题。例如，可以寻求家庭成员、亲朋好友或社区组织的帮助，对小三和涉事方进行道德劝导和调解，以维护家庭和谐。

综上所述，虽然不能直接起诉小三破坏家庭，但可以根据具体情况采取其他法律手段或道德层面的措施来维护自身权益。如果你有更具体的情况或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。