如果车辆登记在母亲名下，但实际所有权归女儿所有，法院在执行母亲财产时，是有可能影响该车辆的。具体分析如下：

虽然车辆登记在母亲名下，但出资行为以及实际使用、控制等情况可能表明车辆的实际所有权属于女儿。然而，在法律上，车辆的所有权通常以登记为准。因此，如果母亲成为被执行人，法院在执行过程中，有可能会将登记在母亲名下的车辆视为母亲的财产进行查封、扣押或冻结。

在这种情况下，女儿需要提供充分的证据来证明车辆的实际所有权归属，例如出资证明、车辆使用记录、维修保养记录等。如果女儿能够证明车辆的实际所有权归自己，可以向法院提出异议，请求解除对车辆的执行措施。法院会根据具体情况进行审查，并作出相应的裁定。

因此，为了避免类似情况的发生，建议在购买车辆时，尽量将车辆登记在实际所有人的名下，或者通过其他法律手段明确车辆的所有权归属，以减少潜在的纠纷和风险。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。