员工在申请仲裁时，公司需要配合提供的材料主要包括以下几大类：

一、证明当事人主体资格的材料

1. 劳动者身份证明：

   • 身份证复印件（需与原件核对一致）。
   • 如劳动者委托他人代理，则还需提供授权委托书及受托人的身份证明。

2. 用人单位信息：

   • 用人单位的工商登记信息，例如营业执照副本复印件或企业信息查询结果，用于确认被申请人的身份和基本信息。

二、证明劳动关系存在的材料

1. 劳动合同：

   • 如有签订书面劳动合同，应提交合同的原件及复印件。

2. 其他证明材料：

   • 工资支付记录，如银行流水、工资条等。
   • 工作证、服务证、考勤记录等，这些都能证明劳动者在用人单位工作的实际情况。
   • 同事的证言或其他能证明劳动关系的材料。

三、证明仲裁请求事项的证据材料

这部分材料需根据具体的仲裁请求来提供，例如：

1. 拖欠工资争议：

   • 工资支付记录、欠薪证明、催款通知等。

2. 工伤赔偿争议：

   • 工伤认定决定书、劳动能力鉴定书、医疗费用发票等。

3. 解除劳动关系争议：

   • 解除劳动关系通知书、离职证明、经济补偿金计算依据等。

4. 加班工资争议：

   • 加班申请表、考勤记录、加班工资计算明细等。

5. 未签劳动合同双倍工资差额争议：

   • 证明入职时间、工作内容的证据，如工作邮件、聊天记录等，以及未签订劳动合同的事实。

6. 社会保险争议：

   • 社保缴纳记录、社保权益记录单等。

四、其他辅助材料

1. 仲裁申请书：

   • 详细陈述仲裁请求、事实和理由，并按照被申请人人数提交副本。

2. 证据清单：

   • 列明所有提交的证据材料名称、来源、证明目的等信息，并注明页码和份数，以便仲裁机构审查。

3. 送达地址确认书：

   • 提供准确的送达地址和联系方式，以便仲裁委员会及时送达相关法律文书，确保双方沟通顺畅。

在准备这些材料时，公司应确保所有证据的真实性、合法性和关联性，并按照仲裁机构的要求规范提交。如果公司未能按时提供或提供的材料不齐全，可能会影响仲裁的进程和结果。因此，建议公司在收到仲裁通知后，尽快与仲裁机构沟通，明确需要提供的材料，并积极配合准备。