结论前置：自然人借用公司的资质开发房屋，其投资能否分期利润，并非一个简单的是非问题，而是需要根据实际情况和法律法规进行综合判断。

详细分析：

1. 合同关系与利润分配：

   • 如果自然人与公司之间签订了明确的合同，且合同中规定了利润分配的方式和比例，那么自然人当然可以按照合同的约定分期获得利润。
   • 如果合同中没有明确规定利润分配，或者合同内容模糊、有歧义，那么就需要根据相关法律法规和双方的实际履行情况来确定利润分配的方式和比例。

2. 资质借用与合法性：

   • 自然人借用公司资质开发房屋，本身可能涉及法律法规的合规性问题。如果这种借用行为违反了相关法律法规，那么利润分配的问题就可能变得复杂和不确定。
   • 在某些情况下，这种资质借用可能被视为无效，导致自然人无法按照预期获得利润。

3. 税务与财务处理：

   • 利润分配还需要考虑税务和财务处理的问题。自然人从公司获得的利润可能需要缴纳个人所得税，而公司也需要按照相关税法规定进行税务申报和缴纳。
   • 此外，公司财务的规范性和透明度也是影响利润分配的重要因素。如果公司财务混乱或存在不规范操作，那么自然人的利润分配可能会受到影响。

4. 法律风险与纠纷解决：

   • 在自然人借用公司资质开发房屋的过程中，如果存在法律纠纷或争议，那么利润分配的问题就可能需要通过法律途径来解决。
   • 在这种情况下，自然人需要寻求专业的法律帮助，以确保自己的合法权益得到维护。

综上所述，自然人借用公司的资质开发房屋后，其投资能否分期利润取决于多种因素，包括合同关系、资质借用的合法性、税务与财务处理以及法律风险与纠纷解决等。因此，在实际操作中，建议自然人与公司之间签订明确的合同，并咨询专业的法律人士以确保行为的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。