关于您提出的“信用卡逾期已协商还款后被自动债务抵消能退回吗”的问题，这主要取决于具体的合同条款以及银行的操作流程。以下是我根据您的问题进行的详细分析：
结论前置
一般来说，如果信用卡逾期后已经与银行协商了还款计划，并且按照计划进行了还款，那么这部分还款通常不会被自动抵消，除非存在特定的合同条款或银行操作失误。如果确实发生了自动债务抵消的情况，您需要尽快联系银行，了解具体情况并寻求解决方案。在某些情况下，可能可以申请退回被抵消的款项，但这需要根据实际情况来判断。
详细分析
合同条款的审查：
- 首先，您需要仔细审查您的信用卡合同以及与银行协商的还款计划协议。这些文件中可能包含了关于债务抵消、还款流程、退款政策等具体条款。
- 如果合同或协议中明确规定了在某些情况下银行有权进行债务抵消，那么您需要了解这些条款的具体内容，以及它们是否适用于您当前的情况。
银行操作流程的了解：
- 银行在处理信用卡还款时，通常有一套固定的操作流程。如果银行误将您的还款进行了债务抵消，这可能是由于操作失误或系统故障导致的。
- 在这种情况下，您需要尽快联系银行客服，说明情况并请求他们进行更正。银行可能会根据他们的内部流程和规定，为您处理退款或恢复被抵消的债务。
法律途径的考虑：
- 如果银行拒绝更正或退款，并且您认为银行的做法违反了合同或法律规定，那么您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
- 在这种情况下，您可以咨询专业律师（比如我），了解您的法律权利和可行的法律途径。律师可以帮助您评估案件的可行性，并为您提供具体的法律建议。
后续行动的建议：
- 无论结果如何，都建议您保留好所有相关的合同、协议、还款记录等证据材料。这些材料在后续与银行沟通或采取法律行动时，将起到至关重要的作用。
- 同时，也建议您在未来的信用卡使用中，更加注意还款日期和金额，避免再次出现逾期或误操作的情况。
综上所述，信用卡逾期已协商还款后被自动债务抵消是否能退回，需要根据具体的合同条款、银行操作流程以及实际情况来判断。建议您尽快联系银行了解情况，并根据需要寻求专业的法律帮助。