关于挂靠公司车辆所有权归属的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
结论前置
在挂靠经营模式下，虽然车辆登记在被挂靠公司名下，但通常认为车辆的实际所有权归属于出资购买并实际控制该车辆的挂靠者。
详细分析
挂靠关系的本质：
- 挂靠是指车主将自己的车辆户籍登记在已领取营业执照的运输公司或出租车公司名下，以该公司的名义进行经营，并定期向公司交纳一定的挂靠管理费。
- 车主自行联系业务，独立经营、自负盈亏，与挂靠公司无关。
动产物权变动的规则：
- 根据《民法典》的相关规定，动产物权的设立和转让，自交付时发生效力。
- 车辆属于动产范畴，应当遵循民法中关于动产物权变动的原则。即在买卖合同有效的前提下，车辆转移占有交付时，其所有权发生转移。
车辆登记的作用与限制：
- 车辆登记在民法上仅具有公示及对抗效力而非物权效力。
- 机动车登记是行政管理措施，旨在监督管理重要动产，而非作为物权公示方法。
- 车辆未经过户登记是违反行政法规的行为，但与民事责任承担是两个不同性质的问题。
司法实践中的判断：
- 在司法实践中，法院会综合多方面因素判断车辆权属，包括实际出资情况、车辆购买及运营的控制权、相关费用的承担等。
- 如果有足够证据表明实际出资人对车辆购买、运营等全程进行控制，并且承担了相关费用，法院可能认定实际出资人享有车辆实质权益。
对外责任承担：
- 对外而言，被挂靠方作为登记车主，在和第三人的法律关系中要承担责任。例如，车辆发生交通事故时，第三人首先会找登记的被挂靠方。
综上所述，在挂靠经营车辆登记所有权人与实际出资人不相符时，实际出资人通常被视为挂靠车辆的所有权人。然而，这并不意味着被挂靠方完全免责，特别是在与第三人的法律关系中，被挂靠方仍需承担相应责任。因此，在处理挂靠车辆所有权归属问题时，应综合考虑实际情况并遵循相关法律法规及司法解释的规定。