车辆挂靠物流公司时，车辆所有权归属于实际出资人，而非物流公司。具体分析如下：

一. 车辆挂靠的法律关系

• 车辆挂靠是指实际使用人（挂靠人）将车辆登记在被挂靠单位（如物流公司）名下，以满足运营要求或政策规定。在这种挂靠关系中，尽管车辆登记在物流公司名下，但实际出资人承担着购车的经济支出，并约定了对车辆享有占有、使用、收益等权益。

二. 实际所有权的判断

• 根据《中华人民共和国物权法》第二十三条：“动产物权的设立和转让，自交付时发生效力，但法律另有规定的除外。”以及第二十四条：“船舶、航空器和机动车等物权的设立、变更、转让和消灭，未经登记，不得对抗善意第三人。”这表明，机动车的登记仅具有公示及对抗效力，而非物权效力。
• 因此，在挂靠经营车辆登记所有权人与实际出资人不相符时，应认定实际出资人为挂靠经营车辆的所有权人。

三. 行驶证与机动车登记证书的法律意义

• 行驶证和机动车登记证书（大本）虽然登记了物流公司的名称，但这主要是出于行政管理和公示的需要。
• 这些证件并不能直接决定车辆的实际所有权归属，而是作为车辆合法上路和交易的凭证。

四. 实际出资人的权利保护

• 实际出资人应通过与物流公司签订的挂靠合同来明确双方的权利和义务，特别是关于车辆实际所有权的归属问题。
• 在遇到纠纷或潜在法律风险时，实际出资人可以依据挂靠合同、购车合同、付款凭证等证据来维护自己的合法权益。

综上所述，车辆挂靠物流公司时，车辆所有权归属于实际出资人。然而，在对外关系上，物流公司仍被视为法定车主，承担相应的权利和义务。因此，实际出资人应采取必要的防范措施，如签订明确的挂靠合同、保留相关证据等，以确保自己的合法权益不受损害。如有进一步需要，您可以继续咨询我。