当然，如果原告起诉的内容与事实不符，且因此给被告造成了损失，被告是有权申请赔偿的。下面我来详细解释一下相关的法律背景和操作建议：
法律背景
在诉讼过程中，原告需要对其主张的事实承担举证责任，即“谁主张，谁举证”的原则。如果原告主张的事实与实际情况不符，被告可以通过提供反证、质证等方式来反驳原告的主张，并证明真实情况。
操作建议
积极收集证据：
- 被告应积极收集能够证明原告主张与事实不符的证据，如文书、实物、证人证言等。
- 这些证据应能够直接反驳原告的主张，或至少削弱其证据的证明力。
在庭审中合理质证：
- 在庭审过程中，被告应对原告提供的证据进行质证，指出其存在的问题，如真实性、合法性、关联性等方面的瑕疵。
- 通过质证，让法官对原告主张的真实性产生疑虑，从而有利于被告的抗辩。
提出损害赔偿请求：
- 如果原告的不实主张给被告造成了实际损失，被告可以在诉讼中提出损害赔偿请求。
- 损害赔偿的请求应基于被告因原告不实主张所遭受的实际损失，并应提供相应的证据予以证明。
清晰阐述事实与观点：
- 在答辩状和庭审发言中，被告应有条理地说明真实情况，反驳原告主张。
- 使用准确、客观的语言表达，让法官能够理解并接受被告的观点。
注意事项
- 被告在提出损害赔偿请求时，应确保请求的合理性和合法性，避免过度或无理的赔偿要求。
- 在整个诉讼过程中，被告应保持冷静和理性，避免情绪化的言辞或行为，以免影响诉讼结果。
综上所述，如果原告起诉的内容与事实不符，且给被告造成了损失，被告完全有权申请赔偿。被告应积极收集证据，合理质证，清晰阐述事实与观点，并在必要时提出损害赔偿请求，以维护自身的合法权益。如果你在这个过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。