未办理产权登记手续的自建房，一般不能通过法院诉讼直接确认份额。下面我将从法律角度详细解释这一结论，并提供相应的建议。
法律解释
产权登记的重要性：
- 根据我国相关法律规定，房屋产权的取得、变更、转让和消灭，通常需要依法进行登记。产权登记是确认房屋权属的法律凭证，也是保护房屋所有权人合法权益的重要依据。
未登记产权的法律后果：
- 如果自建房未办理产权登记手续，那么该房屋在法律上可能被视为权属不明或存在争议。在这种情况下，法院通常不会直接通过诉讼来确认房屋的份额，因为缺乏明确的权属证明。
诉讼确认份额的前提：
- 要想通过法院诉讼确认房屋份额，首先需要确保房屋权属清晰，即已经办理了产权登记手续。如果权属不清，法院可能会要求当事人先解决权属争议，再进行份额确认。
建议
尽快办理产权登记：
- 如果你的自建房尚未办理产权登记手续，建议尽快前往当地房地产登记机构办理相关手续。这将为你的房屋权属提供明确的法律证明，也为后续可能涉及的诉讼或纠纷解决奠定坚实基础。
协商解决份额问题：
- 如果房屋份额存在争议，且房屋已经办理了产权登记手续，建议当事人之间首先通过协商的方式解决。协商不成时，再考虑通过法院诉讼来确认份额。
寻求专业法律帮助：
- 在处理房屋产权纠纷或诉讼时，建议寻求专业律师的帮助。律师可以根据你的具体情况提供针对性的法律建议和指导，帮助你更好地维护自己的合法权益。
综上所述，未办理产权登记手续的自建房一般不能通过法院诉讼直接确认份额。建议尽快办理产权登记手续，并协商解决可能存在的份额争议。如有需要，可以随时向我咨询相关法律问题。