租赁合同纠纷且有第三人债务加入的纠纷，并不一定适用小额诉讼程序。具体是否适用，需要根据案件的具体情况以及法律规定来判断。
首先，我们要明确小额诉讼程序的适用范围。根据《民事诉讼法》的相关规定，小额诉讼程序主要适用于事实清楚、权利义务关系明确、争议不大的简单金钱给付民事案件，且标的额为各省、自治区、直辖市上年度就业人员年平均工资百分之五十以下的案件。这是小额诉讼程序的基本适用条件。
接下来，我们分析租赁合同纠纷且有第三人债务加入的情况。这类案件可能涉及多个法律关系，包括租赁合同关系、债务关系以及第三人债务加入的法律关系等。案件的复杂性和争议程度可能会因此增加。
如果案件事实清楚、权利义务关系明确，且争议不大，同时满足小额诉讼程序的标的额要求：那么，这类案件是有可能适用小额诉讼程序的。但需要注意的是，即使满足这些条件，法院也可能根据案件的具体情况，决定是否适用小额诉讼程序。
如果案件事实复杂、权利义务关系不明确，或者争议较大：那么，这类案件通常不适用小额诉讼程序。因为小额诉讼程序主要是为了快速解决简单民事纠纷，对于复杂或争议较大的案件，可能需要更详细的审理和调查，以确保公正和准确。
此外，第三人债务加入的情况也可能影响案件的适用程序。如果第三人的加入使得案件变得更加复杂或争议更大，那么法院可能会倾向于选择更正式的诉讼程序来审理案件。
综上所述，租赁合同纠纷且有第三人债务加入的纠纷是否适用小额诉讼程序，需要根据案件的具体情况以及法律规定来判断。如果你具体遇到了这样的纠纷，建议咨询当地法院或专业律师，以获取更准确的法律建议和帮助。