当公司的合同章丢失一段时间后，应立即采取一系列有序且全面的措施来处理，以确保公司的合法权益，并尽可能降低由此带来的法律风险。以下是一份详细的处理指南：

一、立即确认印章丢失并报告

1. 全面寻找：首先，在公司内部进行全面寻找，确认合同章是否确实丢失。同时，对可能知情的员工进行初步询问，搜集相关线索。
2. 高层报告：立即向公司高层报告合同章丢失的情况，并考虑咨询法律顾问或专业律师，获取专业的法律意见和指导。

二、内部管控与风险评估

1. 暂停相关业务：为避免在印章丢失期间发生未经授权的盖章行为，应立即通知公司各部门暂停使用该合同章的所有业务。
2. 进行风险评估：组织法务、财务、业务等部门共同评估因合同章丢失可能带来的风险，特别是未完成的合同签署和已盖章但未履行完毕的合同。

三、正式报案与登报声明

1. 前往公安机关报案：携带公司营业执照副本原件、法定代表人身份证原件等相关证明材料，前往公司所在地的公安机关报案，并详细说明印章丢失的情况，取得报案回执。
2. 刊登遗失声明：在市级或更高级别的报纸上刊登合同章遗失声明，明确表明该印章已作废，以防范他人利用丢失的印章进行不法活动。

四、重新刻制合同章与备案

1. 准备相关材料：包括营业执照副本原件及复印件、法定代表人身份证原件及复印件、加盖公章的刻章申请书、公安机关出具的报案回执以及刊登遗失声明的报纸原件等。
2. 刻制新章：前往公安机关指定的印章刻制单位重新刻制合同章。
3. 办理备案手续：新印章刻制完成后，需携带相关材料到当地公安机关或工商行政管理部门办理备案手续，确保新印章的合法性和安全性。

五、通知合作方与更新信息

1. 正式通知合作方：通过书面函件或电子邮件等形式，及时通知公司的合作伙伴、客户等相关方合同章丢失及新章启用的情况，避免因印章变更给业务合作带来不必要的麻烦。
2. 更新相关信息：将新合同章的信息及时更新到公司相关资料、系统和合同中，确保业务活动的正常进行。

六、加强内部管理与监控

1. 完善管理制度：重新审视并完善公司的印章管理制度，明确印章的保管、使用流程和审批权限，确保印章的安全使用。
2. 加强监督与管理：加强对印章使用的日常监督和管理，定期进行自查和审计，及时发现并纠正问题。
3. 持续监控风险：持续关注公司业务活动，特别是合同签署和履行过程，检查是否存在异常的合同签署或其他可能涉及印章风险的情况，并及时采取措施进行处理。

七、法律风险防范与应对

1. 密切关注法律风险：在整个处理过程中，应密切关注可能涉及的法律风险，如有人利用丢失的合同章从事不法活动，应立即向公安机关举报并配合调查。
2. 妥善处理纠纷：若因合同章丢失引发纠纷，应积极配合法律程序，提供必要的证据和材料，依法维护公司的合法权益。

综上所述，公司合同章丢失后，应迅速采取一系列有序的措施来处理，包括确认与报告、内部管控与风险评估、正式报案与声明、重新刻制与备案、通知与合作方沟通、内部管理与监控强化以及法律风险防范等。这些措施旨在确保公司的合法权益不受损害，并加强印章管理，提升法律意识，为公司持续稳健发展提供坚实保障。