协议上圆珠笔写的内容一般不可以擅自去掉。合同一旦签订，其上的所有条款，无论是打印的还是手写的，都具备法律效力。未经合同各方协商一致，擅自删改手写条款属于非法及无效行为，有可能引发严重的法律责任。

如果你确实需要去掉圆珠笔写的内容，应当遵循以下合法流程：

1. 获得书面许可：务必获得包括所有关联方在内的书面许可，这是确保修改合法性的关键步骤。同时，要妥善保存相关证据，以备不时之需。
2. 修改确认：针对删除手写条款之处，应当在修改位置加盖各方签字或公章予以确认。这样做可以确保修改内容得到各方的明确认可，避免后续产生纠纷。

请注意，合同作为具备法律约束力的文书，任何对其的修订都必须严格遵循法律规定以及合同约定的流程。否则，便有可能构成违约乃至违法行为。因此，在处理合同修改问题时，务必谨慎对待，确保所有操作都符合法律法规的要求。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。