针对“国家机关证明被修改怎么处理”的问题，首先需要明确的是，修改或变造国家机关的证明文件是严重的违法行为，将受到法律的严惩。以下是对此问题的详细解答：
一、法律后果
行政处罚：
- 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第五十二条的规定，伪造、变造或买卖国家机关、人民团体、企业、事业单位或其他组织的公文、证件、证明文件的，将处十日以上十五日以下拘留，并可并处1000元以下罚款；情节较轻的，处五日以上十日以下拘留，并可并处500元以下罚款。
刑事处罚：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百八十条的规定，伪造、变造、买卖或者盗窃、抢夺、毁灭国家机关的公文、证件、印章的，将处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金；情节严重的，将处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
二、处理流程
发现与核实：
- 当发现国家机关的证明文件可能被修改时，相关机构或个人应立即进行核实，确认文件的真实性。这通常涉及对文件内容、格式、印章等多方面的比对和鉴定。
报案与调查：
- 一旦确认文件被修改，应立即向当地公安机关报案，并提供相关证据。公安机关将展开调查，包括询问当事人、收集物证、进行技术鉴定等。
法律程序：
- 根据调查结果，如果涉嫌犯罪，公安机关将依法对涉案人员进行刑事拘留，并移送检察机关审查起诉。最终，由法院根据犯罪事实和证据作出判决。
后续处理：
- 对于被修改的证明文件，相关机构应宣布其无效，并重新出具正确的文件。同时，对于因文件修改而造成的损失或影响，应依法进行赔偿或纠正。
三、预防措施
加强监管：
- 相关机构应加强对证明文件的监管，确保文件的真实性和合法性。这包括建立完善的文件管理制度、加强印章管理、定期进行文件审核等。
提高法律意识：
- 公众应提高法律意识，了解修改国家机关证明文件的严重后果，并自觉遵守相关法律法规。
使用正规渠道：
- 在需要办理相关业务或证明时，应通过正规渠道获取证明文件，避免使用非法或不可靠的途径。
综上所述，国家机关证明被修改是一起严重的违法行为，将受到法律的严惩。因此，我们应自觉遵守相关法律法规，加强监管和预防措施，确保证明文件的真实性和合法性。