海船运输海砂被海警查扣并拍卖所运海砂，若明知海砂是“无证”盗采所得，仍进行运输，则会构成非法采矿罪的共犯。具体分析如下：

一. 非法采矿罪的共犯认定

1. 共同犯罪的定义：根据刑法理论，共同犯罪是指二人以上共同故意犯罪。在非法采矿的案件中，如果行为人明知他人正在非法采矿，而为其提供运输等帮助，即构成共同犯罪。
2. 本案中的共同犯罪：本案中，被告人李某明知海砂是“无证”盗采所得，仍然组织船员驾船前往指定海域，从采砂船过驳海砂并运输至江苏境内准备售卖。这一行为已经与采砂者构成了共同犯罪，即非法采矿罪的共犯。

二. 非法采矿罪的法律规定

• 根据《刑法》的相关规定，非法采矿罪是指违反矿产资源法的规定，未取得采矿许可证擅自采矿，或者擅自进入国家规划矿区、对国民经济具有重要价值的矿区和他人矿区范围采矿，或者擅自开采国家规定实行保护性开采的特定矿种，情节严重的行为。
• 在本案中，被告人李某、张某的行为符合非法采矿罪的构成要件，因此被法院以非法采矿罪定罪处罚。

三. 海砂拍卖的处理

• 涉案海砂被查扣后，经司法鉴定价值为34.2万余元，并随后被拍卖，拍卖价款为46万余元。
• 法院考虑到生态修复的需要，将海砂拍卖款中的溢价部分依法作为生态修复金，用于海洋生态环境修复。这一处理既体现了对犯罪行为的惩罚，也体现了对生态环境的保护。

综上所述，海船运输海砂被海警查扣并拍卖所运海砂，若行为人明知是“无证”盗采的海砂仍进行运输，则会构成非法采矿罪的共犯。此类行为不仅违反了矿产资源法的规定，也破坏了海洋生态环境，应依法予以严惩。如有进一步需要，您可以继续咨询我。