根本不是集体组织成员，持有宅基地证不一定合法，需根据具体情况判断。下面我将分情况详细分析：

1. 因政府统一规划和批准使用宅基地：

   • 非本农民集体经济组织成员，如果是因易地扶贫搬迁、地质灾害防治、新农村建设、移民安置等按照政府统一规划和批准使用宅基地，并且在退出原宅基地并注销登记后，依法确定新建房屋占用的宅基地使用权，并办理了不动产登记的，这种情况下持有宅基地证是合法的。

2. 因继承房屋占用宅基地：

   • 非本农民集体经济组织成员（含城镇居民），如果是因继承房屋而占用宅基地，并且按照规定进行了确权登记，在不动产登记簿及证书附记栏注记了“该权利人为本农民集体经济组织原成员住宅的合法继承人”，那么这种情况下持有宅基地证也是合法的。

3. 其他情况：

   • 对于非上述两种情况，特别是1999年《国务院办公厅关于加强土地转让管理严禁炒卖土地的通知》印发后，城市居民违法占用宅基地建造房屋、购买农房的，是不予登记的。这种情况下，如果非集体组织成员持有宅基地证，那么该证件很可能是不合法的。

我的观点：宅基地使用权是基于集体组织成员身份而取得的，非集体组织成员在一般情况下是无法直接取得宅基地使用权的。因此，在判断非集体组织成员持有宅基地证是否合法时，需要仔细审查其取得宅基地的具体情况和相关手续。如有进一步需要，您可以继续咨询我。