协议要求签字按手印但只盖了签名章，一般不影响法律效力。关键在于协议内容是否合法、双方意思表示是否真实，以及是否符合相关法律法规的规定。

分析说明：

1. 签名、盖章、按手印的同等效力：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这表明签名、盖章、按手印都是合同成立的有效方式，具有同等的法律效力。
   • 在本协议中，虽然只盖了签名章而没有按手印，但只要签名章是真实且合法的，它同样能够表明当事人的身份和意愿，因此不影响合同的法律效力。

2. 协议有效性的关键要素：

   • 除了签名、盖章或按手印外，协议的有效性还取决于其他因素，如协议内容是否合法、双方是否具有相应的民事行为能力、意思表示是否真实等。
   • 如果这些关键要素都得到满足，那么即使只盖了签名章，协议也是具有法律效力的。

3. 实际司法实践中的考量：

   • 在实际的司法实践中，法院会综合考虑各种因素来判断协议的法律效力。如果签名章的真实性得到确认，且协议内容合法、双方意思表示真实，那么法院通常会认定协议是有效的。

结论补充说明：

• 需要注意的是，虽然只盖签名章不影响协议的法律效力，但在某些特定情况下，如涉及重大金额或重要权益的协议中，为了更加保险起见，双方可能会选择同时采用签名、盖章和按手印等多种方式来确认协议的真实性和当事人的意愿。
• 此外，如果协议中明确规定了必须同时签字和按手印才有效，那么只盖签名章可能会被视为不符合协议要求，从而影响协议的法律效力。因此，在签订协议时，双方应仔细审查协议条款并严格按照要求执行。

行动建议：

• 如果你对协议的法律效力存在疑虑，建议咨询专业律师进行进一步确认。
• 在签订协议时，应确保双方都具有相应的民事行为能力、意思表示真实，并仔细审查协议内容是否合法、是否违反法律法规的强制性规定。