水利部项目法人无权直接干涉甲方指定施工队。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 项目法人与甲方的角色定位

1. 项目法人：在水利工程项目中，项目法人通常负责项目的整体实施和管理，包括工程质量、进度、安全等方面的监督。
2. 甲方：甲方通常是项目的发包方或业主，有权选择施工队伍，并与施工队伍签订合同，明确双方的权利和义务。

二. 干涉施工队选择的法律分析

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国合同法》的相关规定，当事人有权依法自由订立合同，选择合同相对方。甲方作为项目的发包方，有权根据自己的需求和判断选择施工队伍。
2. 项目法人的职责：项目法人的主要职责是确保项目的顺利进行和工程质量的达标，而不是直接干涉甲方的选择。项目法人应当通过合同约定的方式，对施工队伍进行管理和监督，而不是直接指定或干涉甲方的选择。

三. 实际操作中的注意事项

• 在实际操作中，项目法人应当尊重甲方的选择权，不得无故干涉或阻挠甲方指定的施工队伍进场施工。
• 如项目法人对施工队伍有异议，应当通过合法途径提出，如与甲方进行协商、提出合理化建议等，而不是直接干涉或强制更换施工队伍。

综上所述，水利部项目法人无权直接干涉甲方指定施工队。项目法人应当尊重甲方的选择权，并通过合同约定的方式对施工队伍进行管理和监督。如有进一步需要，您可以继续咨询我。