一家工厂注册了两个公司、两个以上法人是合法的。在我国，法律并没有限制一个工厂或实体不能注册多个公司或拥有多个法人。但是，这样做需要遵守相关的法律法规，并确保每个公司的注册和运营都符合法律要求。

以下是对此问题的详细分析：

1. 公司注册与法人设立：

   • 在我国，注册公司需要遵循《公司法》等相关法律法规。只要满足注册条件，如具备合法的名称、住所、注册资本、经营范围等，并依法办理注册登记，就可以成立公司。
   • 每个公司都是独立的法人实体，拥有独立的财产权、经营权和诉讼主体资格。因此，一个工厂可以注册多个公司，每个公司都可以有自己的法人。

2. 合规运营：

   • 虽然注册多个公司是合法的，但每个公司都需要独立运营，遵守相关法律法规和监管要求。例如，需要按时进行工商年报、税务申报等。
   • 工厂在注册多个公司时，应确保各公司之间的业务、财务等相互独立，避免混同经营和财务混乱。

3. 风险防控：

   • 注册多个公司可能带来一定的管理风险和法律风险。因此，工厂应建立健全的管理制度和风险控制机制，确保各公司的合规运营。
   • 同时，工厂应关注各公司之间的关联交易和资金往来，避免引发不必要的法律纠纷和税务风险。

综上所述，一家工厂注册两个公司、两个以上法人是合法的，但需要遵守相关法律法规和监管要求，并确保各公司的合规运营和风险防控。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。