办理了住院但没有实际住院，被扣除的费用是可以申请退还的。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 合同解除与费用退还

• 根据《中华人民共和国民法典》第五百六十二条，当事人协商一致，可以解除合同。在此情况下，你与医院之间形成了住院服务的合同关系，但由于你并未实际住院，因此可以与医院协商解除这一合同，并要求退还已扣除的费用。
• 同时，《中华人民共和国民法典》第五百六十七条也规定，合同的权利义务关系终止后，不影响合同中结算和清理条款的效力。这意味着，在合同解除后，医院应当依据相关规定或双方约定，对你已支付但未实际发生的费用进行结算和清理。

二. 具体操作流程

• 你需要首先与医院取得联系，明确表达你并未实际住院，并请求退还已扣除的费用。
• 医院可能会要求你提供证明，如住院医生开具的未住院证明等，以证实你确实未接受住院服务。
• 在提供必要证明后，医院应当依据其内部流程和相关规定，对你已支付的费用进行核查，并退还多扣的部分。

三. 注意事项

• 在与医院沟通时，务必保持冷静和理性，明确表达你的诉求和依据。
• 如果医院拒绝退还费用或处理不当，你可以考虑向相关部门投诉或寻求法律途径维护自己的权益。

综上所述，你完全有权要求医院退还已扣除但未实际发生的费用。建议在与医院沟通时，务必保留好相关证据和记录，以便在必要时维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。